Die Europa Union Brandenburg gliedert sich in Kreisverbände. Diese gründen sich als eingetragene Vereine. Innerhalb der Kreisverbände können sich Ortsverbände als Arbeitsgemeinschaften des jeweiligen Kreisverbandes organisieren.

Aktuell hat der Landesverband Brandenburg 3 Kreisverbände:

Der Kreisverband Havelland
Der Kreisverband Potsdam/Potsdam Mittelmark
Der Kreisverband Uckermark
Der Kreisverband Oberhavel 
Der Kreisverband Brandenburg an der Havel